Ok.
Primer de tot necessites el filtre Textsub. Et recomano aquest, ja que amb els altres has de fer una conversió prèvia. El filtre aquest va juntament amb el VOBSub. Per tenir-lo, al instal·lar el VOBSub has de marcar la casella "Textsub for virtualdub and avisynth". Però bé, per si et vols estalviar instal·lar el VobSub, et deixo aquí el filtre tal qual, no sé si funcionarà sense VobSub, però suposo que sí.
http://www.megaupload.com/?d=LO8Q6OK8
L'has de posar (descomprimit) a la carpeta plugins del Virtualdub.
Llavors, obres el virtualdub, i amb ell el vídeo que vols subtitular.
Llavors vas a "Video -> Filters -> Add" i allà el selecciones:
Llavors et sortirà una finestra, per triar l'arxiu de subs.
Si apretes el botó "Styles..." pots configurar els subs una mica: Canviar el color, la posició, etc.
Un cop ho tens al teu gust, apretes OK, OK i un altre cop OK per tornar a estar al vdm tal qual. Ara pots veure amb el preview com queden els subs per si els vols moure més o el que sigui. Si no estàs content, tornes a "Video -> Filters..." i modifiques les opcions del filtre que has posat.
Un cop ja està, configures el codec de vídeo i a recomprimir : P
Quan hagi acabat, ja tindràs els subs incrustats.